1998年5月、核拡散防止条約（ＮＰＴ）に加盟していないインドとパキスタンが相次いで核実験を強行し、被爆地の市民は核拡散に危機感を募らせました。「ながさき平和大集会」（現在は「高校生平和大使派遣委員会」）に参加する約50の平和団体は、核の惨禍を知る被爆地ヒロシマ・ナガサキの声を世界に伝えるために、未来を担う若者を「高校生平和大使」として国連に派遣することにしました。
1998年から毎年、高校生平和大使は国連を訪問し、核兵器廃絶と平和な世界の実現を訴えてきました。1999年の第2代まではアメリカ・ニューヨークの国連本部へ、2000年第3代からは軍縮会議が開かれるスイス・ジュネーブの国連欧州本部を訪問しています。高校生平和大使は国連では「ヒロシマ・ナガサキ・ピース・メッセンジャー」として認知され、その真剣な言動は国連で高い評価を得て大きな成果をあげています。2007年にはブラジル・韓国から及びペルー籍の高校生平和大使が、2012年にはブラジルの高校生平和大使が参加しました。2013年第16代は、外務省ユース非核特使第1号の委嘱を受け、2014年には第17代高校生平和大使の代表が、民間人として初めて軍縮会議本会議場でスピーチを行いました。また、2012年10月には、高校生平和大使の活動について、外務大臣感謝状が授与されました。
高校生平和大使は毎年公募で選ばれます。国連から帰国後も各地での活動報告や修学旅行生との交流など、６月の結団式から約1年間活動します。